Để hợp thức hóa việc rút tiền và tránh bị phát hiện sai phạm, bà Trương Mỹ Lan đã chỉ đạo cán bộ ở SCB chuyển tiền giải ngân vào các công ty "ma", sau đó thực hiện rút tiền mặt nhằm cắt đứt dòng tiền.
Đặc biệt, để che giấu thực trạng yếu kém của SCB, giúp nhà băng thoát khỏi diện kiểm soát đặc biệt, bà Lan đã chỉ đạo thuộc cấp mua chuộc đoàn cán bộ thanh tra. Bà Lan bị cáo buộc chỉ đạo cấp dưới đưa hối lộ cho bà Đỗ Thị Nhàn, cựu cục trưởng Thanh tra, giám sát của Ngân hàng Nhà nước, 5,2 triệu USD. Bà Nhàn bị truy tố về tội Nhận hối lộ; 10 người khác bị truy tố tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.