Theo khuyến cáo của các chuyên gia dinh dưỡng, nước ép trái cây thực chất chỉ chứa một số chất tan trong nước như đường đơn giản và vitamin C. Còn các chất dinh dưỡng quý khác như vitamin A, E, carotene, chất xơ… vốn không tan trong nước nên không tồn tại trong nước ép. Vì vậy, không nên lạm dụng thức uống này. Nếu dùng nước ép trái cây trong thời gian dài sẽ dẫn đến thiếu hụt protein, chất béo, hao hụt dự trữ vitamin giúp chuyển hóa chất đường trong cơ thể. Vì vậy, nếu lạm dụng dễ gây phản tác dụng.

Theo kết luận của các nhà nghiên cứu người Úc được đăng trên tờ Daily Mail thì tiêu thụ nước ép trái cây có chứa quá nhiều đường có thể làm tăng nguy cơ ung thư. 

Các nhà nghiên cứu người Úc đã cố gắng tìm kiếm mối liên hệ cũng như tác dụng của các loại trái cây, rau củ và nước trái cây khác nhau trong việc ngăn chặn sự phát triển của ung thư ruột kết.

Họ theo dõi sức khỏe của 2.200 người lớn và những thực phẩm họ ăn hàng ngày trong vòng 2 năm để nghiên cứu mô hình phát triển của bệnh. Kết quả cho thấy những người ăn trái cây và rau quả như táo, súp lơ, bông cải xanh... sẽ có cơ hội giảm nguy cơ ung thư ruột kết. Nhưng một điều ngạc nhiên là những người tiêu thụ nước ép trái cây lại có nguy cơ bị ung thư cao

Nghiên cứu được công bố trên Tạp chí của Hiệp hội Dinh dưỡng Mỹ phát hiện ra rằng những người uống nước ép trái cây nhiều hơn ba ly một ngày có nhiều khả năng phát triển ung thư hậu môn - một dạng ung thư ruột. Các nhà nghiên cứu tin rằng hàm lượng đường cao trong nước trái cây có thể kích hoạt sự tăng trưởng tế bào ung thư. Họ cũng nói rằng nhiều chất trong trái cây như chất xơ, vitamin C và chất chống oxy hóa đã bị mất khi chúng được ép lấy nước. Thế nhưng, chính các chất này lại có thể ngăn chặn sự xuất hiện của bệnh ung thư.

Trong những năm qua, chúng ta tin rằng mỗi ngày nên uống một ly nước ép trái cây. Tuy nhiên, các nhà nghiên cứu Anh đã tuyên bố rằng nước trái cây có chứa quá nhiều đường. Các nhà khoa học từ Đại học Bangor, Wales, cho biết sẽ tốt hơn nếu bạn tiêu thụ trái cây sấy khô. 

Tuy nhiên, các chuyên gia dinh dưỡng khác lại cho rằng không thể kết luận rằng tiêu thụ nhiều nước ép trái cây là không tốt vì thực tế nó tốt hơn nhiều thức uống khác. Nell Barrie, chuyên gia thuộc Trung tâm Nghiên cứu ung thư Anh cho biết "Không có câu trả lời dứt khoát về các loại trái cây và rau quả làm gia tăng nguy cơ ung thư ruột kết. Nhưng chắc chắn từ kết quả của nghiên cứu này có thể thấy tiêu thụ các loại thực phẩm nhiều chất xơ sẽ giúp giảm nguy cơ ung thư. Có lẽ nó sẽ là tốt hơn nếu bạn chọn ăn trái cây tươi mà không cần phải ép lấy nước để không bị mất chất xơ".

- Bệnh nhân tiểu đường hoặc có tiền sử tiểu đường: Nước ép trái cây chứa nhiều đường fructose, có thể gây tăng đường huyết.

- Bệnh nhân viêm loét dạ dày, tá tràng hay viêm tuyến tụy: Nước ép trái cây có vị chua như: chanh, cam, táo, nho, dâu... vì loại trái cây này có nhiều chất hữu cơ làm tăng axit dạ dày gây ợ nóng.

- Bệnh nhân tiêu chảy: Nước ép trái cây có thể làm tình trạng tiêu chảy nặng hơn do làm tăng áp lực thẩm thấu trong ruột.

- Bệnh nhân bị sốt không nên uống nước ép trái cây ngọt vì dễ làm tăng đường huyết, khi đó các tế bào bạch cầu sẽ diệt khuẩn chậm chạp hơn.