Cụ thể, thông tin từ Cục Hàng không Việt Nam cho biết ngày 5/1, chuyến bay VN5311 sử dụng máy bay B787-868 từ Narita - Nhật Bản về Hà Nội khởi hành lúc 10 giờ 30 (giờ địa phương) gồm 15 thành viên tổ bay (12 tiếp viên và 3 phi công), trong đó có 2 Cơ trưởng cùng 47 hành khách.
Khoảng 11 giờ 10 (giờ địa phương), Chi nhánh Vietnam Airlines tại Nhật Bản nhận được 1 cuộc điện thoại từ 1 đối tượng giọng nam giới tự xưng là người Mỹ, nói tiếng Nhật, với nội dung trao đổi: "Chuyến bay VN5311 tốt nhất là quay lại Narita, nếu không sẽ bị bắn hạ khi bay qua Vịnh Tokyo".
Khi nhân viên nhận điện thoại hỏi: "Ông có thể nói lại điều ông vừa nói được không" thì người đàn ông trả lời: "Tôi đang chuẩn bị bắn VN5311 khi bay qua Vịnh Tokyo, tốt nhất nên quay lại".
Thời điểm này, chuyến bay VN5311 đã bay được khoảng 40 phút và chuẩn bị bay qua Vịnh Tokyo. Ngay sau khi nhận cuộc điện thoại đe dọa nêu trên, Chi nhánh Vietnam Airlines tại Nhật Bản đã báo cáo nhanh vụ việc về Tổng công ty Hàng không Việt Nam. Tổng công ty đã báo cáo vụ việc cho Nhà chức trách Nhật Bản, Cục Hàng không Việt Nam và các cơ quan chức năng của Bộ Công an, đồng thời triệu tập cuộc họp của Ủy ban Khẩn nguy và Tiểu ban chỉ đạo phòng chống khủng bố của Tổng công ty Hàng không Việt Nam.
Trên cơ sở báo cáo của Tổng công ty Hàng không Việt Nam, Cục Hàng không Việt Nam đã báo cáo Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải, Phó Thủ tướng Thường trực Phạm Bình Minh - Chủ tịch Ủy ban An ninh hàng không dân dụng quốc gia. Sau khi được sự đồng ý của Phó Thủ tướng Thường trực Phạm Bình Minh và Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải, Cục trưởng Cục Hàng không Việt Nam đã chỉ đạo Vietnam Airlines xin phép Nhà chức trách hàng không Nhật Bản chuyển hướng máy bay hạ cánh xuống sân bay Fukuoka, Nhật Bản.
Khoảng 13 giờ 02 (giờ địa phương), chuyến bay VN5311 đã hạ cánh an toàn xuống sân bay Fukuoka, Nhật Bản. Nhà chức trách và Cảnh sát sân bay Fukuoka đã lên máy bay kiểm tra, phỏng vấn tổ bay và hành khách, nhưng không áp dụng các biện pháp an ninh và cho phép máy bay được đỗ tại sân bay Fukuoka trong khoảng 2 giờ đồng hồ để xem xét, đánh giá thông tin, cũng như sự an toàn của chuyến bay.
Khoảng 14 giờ 30 (giờ địa phương), sau khi xác định chuyến bay an toàn, không có dấu hiệu bất thường, Nhà chức trách và Cảnh sát sân bay Fukuoka đã thông báo cho phép chuyến bay VN5311 khởi hành về Hà Nội. Tổng công ty Hàng không Việt Nam đã báo cáo Cục Hàng không Việt Nam và quyết định cho chuyến bay VN5311 khởi hành lúc 15 giờ 48 (giờ địa phương) từ sân bay Fukuoka tiếp tục hành trình về Hà Nội. Vào lúc 18 giờ 12 phút (giờ Việt Nam) ngày 5-1, chuyến bay VN5311 đã hạ cánh an toàn xuống Cảng hàng không quốc tế Nội Bài.
Cục Hàng không Việt Nam đã chỉ đạo Tổng công ty Hàng không Việt Nam kịp thời triển khai quy trình ứng phó khẩn nguy an ninh để xử lý vụ việc theo đúng quy định, bảo đảm an toàn cho chuyến bay.
Cục Hàng không Việt Nam cũng đã báo cáo các cơ quan có thẩm quyền để phối hợp với các Nhà chức trách liên quan của phía Nhật Bản để điều tra, làm rõ vụ việc.
