Các khẩu phần ăn được phân chia theo từng khay và được ghi tên từng khu. Sau khi được bàn giao, nhân viên phụ trách tại các chuồng có nhiệm vụ phân bổ và cho thú ăn đúng theo giờ quy định nhằm đảm bảo sức khoẻ cũng như duy trì các tập tính sinh hoạt của chúng tại Thảo Cầm Viên.
Việc du khách hay ném đồ ăn vào cho thú, ông Nê cho biết: "Sau này những việc như thế đều được các nhân viên tại đây nhắc nhở. Chúng tôi đều giải thích rõ cho khách hiểu là thức ăn của các loài đều đã được cung cấp đầy đủ, nếu như tự tiện cho thú ăn những thức ăn không phải của chúng sẽ gây ảnh hưởng rất nhiều đến sức khoẻ của chúng".
Ngoài ra, Thảo Cầm Viên cũng áp dụng mô hình "Làm giàu chuồng trại" với các hình thức kích thích động vật ăn uống. Tại chuồng báo hoa mai, nhân viên sẽ treo thịt sống lên trên cao đồng thời xát thêm nước cam với bã cà phê để dậy mùi cho thú trong lúc ăn.