Ngày 16-2, hãng tin Japan Today dẫn nguồn cảnh sát Nhật Bản cho biết vụ việc xảy ra vào lúc 10 giờ 55 phút (giờ địa phương) ngày 5-1, khi đại diện hãng Vietnam Airlines tại Nhật Bản nhận được 1 cuộc gọi đe dọa. 

Được biết, thanh niên trên gọi bằng số điện thoại nhà và khẳng định cậu ta "sẽ bắn hạ" chuyến bay VN5311 nên khuyên phi công "cho máy bay quay lại". Khi đó, chiếc máy bay đã cất cánh được 40 phút và chuẩn bị bay qua vịnh Tokyo. 

Ngay sau khi nhận được cuộc gọi đe dọa, đại diện Vietnam Airlines tại Nhật Bản đã nhanh chóng báo cáo sự việc lên Tổng công ty Hàng không Việt Nam. 

Vietnam Airlines báo cáo vụ việc với cơ quan chức năng Nhật Bản, Cục Hàng không Việt Nam và các cơ quan chức năng của Bộ Công an, đồng thời triệu tập cuộc họp của Ban khẩn cấp và Ban chỉ đạo phòng chống khủng bố của Vietnam Airlines.

Sau khi được sự đồng ý của Phó Thủ tướng Thường trực Phạm Bình Minh và bộ trưởng bộ giao thông vận tải, cục trưởng Cục Hàng không Việt Nam đã chỉ đạo Vietnam Airlines xin phép nhà chức trách hàng không Nhật Bản chuyển hướng máy bay hạ cánh xuống sân bay Fukuoka để kiểm tra an toàn.

Cuối cùng, sau khi các quan chức và cảnh sát sân bay Fukuoka xác nhận chuyến bay an toàn, họ cho phép VN5311 khởi hành về Hà Nội. Vụ việc khiến chuyến bay bị hoãn khoảng 3 giờ 40 phút. 

Cảnh sát đã tìm ra số điện thoại và bắt giữ thiếu niên trên vào ngày 16-2. Cậu ta cũng thừa nhận hành vi của mình. 

Giới chức trách Nhật Bản cho biết nghi phạm bị thiểu năng.