Nếu thịt ba chỉ mua về cất trong tủ lạnh thì bạn để ra ngoài ở nhiệt độ phòng trong 30 phút trước khi nấu. Ướp thịt với muối và hạt tiêu. Đậy thịt lại bằng màng bọc thực phẩm trong khoảng 30 phút. Sau đó dùng cây cán hoặc chày đập nhẹ để cho thịt mềm. Cuộn thịt ba chỉ thành hình trụ. Buộc chặt thịt ba chỉ bằng dây sợi dùng trong nấu ăn để giữ hình dạng chắc chắn. 

Đun nóng 2 thìa súp dầu ăn trong chảo. Áp chảo mặt ngoài của thịt cho vàng đều. Bạn nên để nhỏ lửa để không bị bắn dầu. 

Thịt ba chỉ sẽ phải ninh hai lần. Lần đầu sau khi áp chảo xong bạn cho thịt vào nồi sau đó đổ nước ngập mặt thịt. Nấu thịt trong 1 giờ trên lửa nhỏ. (Phần nước này không có trong phần nguyên liệu nêu ở trên).

Sau thời gian trên, đổ hết nước trong nồi ninh thịt đi. Cho đường, rượu sake, nước tương, nước, hành lá, tỏi và gừng vào nồi, đun sôi thì vặn nhỏ lửa. Đậy lên trên một miếng otoshibuta (một tấm đậy dùng để đặt trực tiếp lên nguyên liệu trong nồi nấu. Sử dụng nó giúp nhiệt được phân phối đều, ngăn các món ăn ít nước khỏi bị khô và ngăn nguyên liệu dễ nát khỏi bị biến dạng khi sôi) và đun nhỏ lửa trong 1 giờ. Nếu không có miếng otoshibuta thì cũng không sao.

Thỉnh thoảng hãy hớt váng khỏi nước sốt và xoay phần thịt ba chỉ để tất cả thịt đều thấm đều nước sốt.

Sau 1 giờ, tắt bếp và để nguyên thịt ba chỉ trong nước sốt nấu. Sau khi thịt ba chỉ và nước sốt nguội thì bạn để vào tủ lạnh qua đêm để hôm sau thưởng thức. Nếu tủ lạnh nhỏ bạn có thể cho thịt vào hộp khác đậy kín rồi cho vào tủ lạnh để tiết kiệm diện tích.