Câu chuyện bắt đầu tại một trường cấp 1. Cậu bé Ishaan Awasthi, 8 tuổi, không thích trường học và tất cả các bài kiểm tra đều khiến cậu sợ hãi. Ishaan thấy các bài toán đều rất khó và con chữ nhảy nhót trước mắt. Em bị các giáo viên và các bạn học của mình coi là đồ ngu, đồ ngớ ngẩn, điên rồ, lười biếng... 

Ngay cả với gia đình, Ishaan cũng bị bố mẹ mắng nhiếc, chê trách. Cha của Ishaan là giám đốc điều hành thành công, luôn hy vọng con cái của ông sẽ vượt trội. Mẹ cậu là một bà nội trợ cũng rất thất vọng, bất lực trong việc giáo dục cậu con trai nhỏ.

Thế nhưng không ai biết bên trong cậu bé là một thế giới đầy huyền diệu và sắc màu mà cậu không thể chia sẻ cùng bất kỳ ai.

Sau khi nhận được thông báo về kết quả học tập không tốt của Ishaan ở trường, cha mẹ của Ishaan quyết định gửi cậu đến một trường nội trú. Ở đó, cậu chìm trong sợ hãi và trầm cảm, dù đã kết bạn với Rajan là một học sinh khuyết tật nhưng nằm trong top học sinh đứng đầu trong lớp học.

Mọi chuyện đã hoàn toàn thay đổi khi Ram Shankar Nikumbh, giáo viên dạy vẽ mới tới trường dạy. Là một giáo viên có kinh nghiệm tại trường chuyên biệt, Nikumbh có cách giảng dạy hoàn toàn khác biệt với người tiền nhiệm nghiêm khắc của lớp. 

Thầy giáo phát hiện Ishaan thường không vui và tách biệt với các hoạt động của lớp. Và thầy nhận ra kết quả học tập thấp kém của Ishaan là dấu hiệu của chứng khó đọc.

Vào ngày nghỉ của mình, thầy giáo tới thăm cha mẹ Ishaan, nói chuyện về kết quả học tập của con trai họ và nguyên nhân có thể do chứng khó đọc. Thầy nhận ra trong các tác phẩm của Ishaan có một sự tinh tế hiếm thấy. Nhưng cha của Ishaan nghi ngờ những điều thầy giáo nói và cho rằng thật sự kết quả học tập của cậu bé kém là do cậu lười nhác và kém thông minh.

Thầy giáo sau đó đã bắt cha của Ishaan đọc một dòng chữ tiếng Trung Quốc trên một chiếc hộp đồ chơi và mắng khi ông không thể đọc. Thầy giải thích đó chính là điều mà Ishaan đang phải trải qua ở trường. Thầy giáo mô tả chứng khó đọc và đề nghị được dạy kèm Ishaan, làm nổi bật khả năng nghệ thuật của cậu bé.

Ngày hôm sau khi đến lớp, thầy giáo Nikumbh đã kể câu chuyện về những người nổi tiếng từng bị chứng khó đọc như Albert Einstein, Leonardo da Vinci, Thomas Edison... Sau đó, khi tất cả học sinh rời khỏi lớp học, thầy giáo bảo Ishaan ở lại và thổ lộ:

"Em có biết trong số những người mà thầy nhắc đến có một người mà thầy không nói không? Có thể tên của người đó chưa được ca tụng nhưng có cùng vấn đề với nhau. Cái tên đó là... Ram Shankar Nikumbh". 

Thầy giáo thừa nhận mình mắc chứng khó đọc khó viết và điều này gây bất ngờ cho Ishaan.

Chỉ từ câu nói của thầy giáo đã là nguồn động lực để Ishaan tự tin vào bản thân.

Sau đó thầy giáo đến gặp hiệu trưởng xin được trở thành gia sư của Ishaan. Thầy cố gắng cải thiện khả năng đọc và viết của Ishaan bằng cách sử dụng các kỹ thuật khắc phục chứng khó đọc. Dần dần Ishaan đã quan tâm đến ngôn ngữ học, toán học và điểm số của cậu được cải thiện.

Đến cuối năm học, thầy giáo tổ chức một cuộc thi nghệ thuật cho toàn bộ giáo viên và học sinh. Cuộc thi được đánh giá bởi nghệ sĩ nổi tiếng. Và cuộc thi này, Ishaan đã giành chiến thắng với phong cách sáng tạo nổi bật của mình. Cả trường đã đứng dậy vỗ tay đầy ngưỡng mộ chúc mừng Ishaan. Thầy giáo Nikumbh, người vẽ chân dung Ishaan đã đoạt giải á quân.

Ngày bế giảng, khi cha mẹ Ishaan gặp thầy giáo, họ không nói nên lời bởi sự chuyển biến bất ngờ của Ishaan. Cha của Ishaan xúc động cảm ơn thầy giáo.

Khi Ishaan chuẩn bị lên xe để trở về với cha mẹ, cậu bé bất ngờ quay ngược lại và chạy về phía thầy giáo. Câu chuyện kết thúc với cảnh thầy giáo tung Ishaan lên trời trong hạnh phúc của cả 2 thầy trò.

Tuy clip trên là trích đoạn từ bộ phim Cậu bé đặc biệt nhưng câu chuyện là bài học nhân văn sâu sắc. Một câu chuyện tuyệt vời về trẻ em nhưng tất cả những người lớn đều nhìn lại cách giáo dục có lúc sai lệch của mình. 

Đặc biệt ấn tượng với câu nói của thầy giáo: "Ở đảo Solomon, nơi người ta muốn giết một cái cây, họ không cần dùng đến rìu để chặt, mà chỉ cần đứng xung quanh cái cây và chửi rủa nó. Và chắc chắn một thời gian sau, cái cây ấy tự khô héo đi mà chết".

Thành công của cậu bé khiếm khuyết đã gián tiếp phê phán cách giáo dục khiên cưỡng và sự thiếu quan tâm của gia đình, có thể giết chết những tài năng tương lai. Ngược lại, chỉ cần một câu nói khích lệ và sự quan tâm đúng lúc, đứa trẻ khiếm khuyết đó lại trở thành tài năng.

Bộ phim Cậu bé đặc biệt ra mắt vào ngày 21/12/2007 tại Ấn Độ. Bộ phim đã đoạt được nhiều giải thưởng, trong đó có giải thưởng Filmfare 2008 và giải thưởng phim Quốc gia 2008 về Phúc lợi gia đình.